かつて地上を支配していたハチュウ類は自然の力で滅び去ったとされていた。しかし、地下マグマに逃げ延びた一部の種族はハチュウ人類として独自の進化を遂げ、地上を取り戻すために暗躍を開始した。ハチュウ人類の活動を察知した早乙女博士は、最強の戦闘マシン・ゲッターロボの建造に着手する。しかし、強力すぎるゆえに普通の人間にはゲッターを乗りこなすことはできない。博士は二人の若者に着目した。一人は武道家の流竜馬、もう一人は学生運動の指導者である神隼人。そこに柔道部主将の巴武蔵。三人の若者たちは3つの姿に変幻するゲッターロボを操り、ハチュウ人類の侵略作戦に立ち向かう。