高校生・小森ユウは勉強の虫と揶揄される科学オタクで、受験や試験に備え、学校の理科室に夜遅くまで居残っては実験の真似事をしていた。
ある夜、ユウは放射能実験装置をいじくり回していたところ、偶然放射能を浴びた蜘蛛に噛まれてしまう。その瞬間、彼は人間離れした体力と壁に蜘蛛のように貼りつく能力を得る。
その後、自作でコスチュームとスパイダーハンド（ウェブ・シューター）を作り、スパイダーマンとしてのアイデンティティを得たユウは、片思いの少女を助けるべく犯罪者に立ち向かったのをきっかけに、次々と現れる超能力者達との戦いに飲み込まれていく。
この大いなる力を、いったい何の、誰のために使えば良いのか？ いつかは自分も、彼らのようになってしまうのではないか？
ユウは苦悩しながら、今日もさまよい続ける……。